Monseigneur Xavier Echevarria, en tant que membre nommé par le saint-père, a participé à la deuxième assemblée spéciale du synode des évêques pour l’Europe, qui a eu lieu à Rome du 1er au 23 octobre 1999, et dont le thème était : « Jésus-Christ, vivant dans son Église, source d’espérance pour l’Europe ».

Le prélat de l’Opus Dei est intervenu le 4 octobre lors de la quatrième session générale. Un résumé de son intervention a été publié dans L’Osservatore Romano (5 octobre 1999) sous le titre « Montrer à l’Europe le vrai visage de l’Église ». Monseigneur Echevarria a décrit les qualités théologiques qui expriment la condition sacramentelle de l’Église et qui doivent éclairer le travail pastoral d’évangélisation : l’unité, la sainteté, la catholicité et l’apostolicité.